Есть устройства присылающие сообщения через SSL.
Но появилось устройство не умеющее работать с сертификатами (не получилось настроить OpenSCADA).
Можно ли настроить москиту слушать на разных портах в разных режимах?
Или настраивать два демона и между ними бридж?
да. Гуглить man mosquitto, раздел listeners. Файл /etc/mosquitto/conf.d/listeners.conf