Не запускается Zigbee2MQTTWBE2R-R-ZIGBEE v.2

Как планируете архитектуру? То есть - где будет работать сам процесс z2m, в какой брокер он будет публиковать топики?

Порт занят процессом, судя по всему, как раз z2m.
Советую для диагностики - остановить сервис, убедиться что он остановлен, что порт свободен и только потом запустить z2m из консоли - для диагностики.