Если команда длиннее 512 импульсов - без ручного редактирования/пересохранения команд работать будет только в том случае если она, команда дублируется.
Если у вас оборудование работает с длинными командами - можете попробовать их проанализировать-обрезать или вернуть WB-MIR. Для анализа как раз нужна теория.
HOWTO доскональное тут: Запись ИК команд в формате pcf - #3 от пользователя BrainRoot
Размер хранится в 5400+i как описано