Добавленное устройство перестало работать

sudo не нужно. И забываете добавить “#” в конце, надо так:

mqtt-delete-retained '/devices/kb-006_1/controls/Main счётчик/#'

Вот тут похожее

Winscp вообще не запускается?

Так, вижу много ошибок “Serial protocol error: invalid crc” и “malformed response: invalid data size” которые говорят о том (из опыта) что скорее всего установлено неверное количество стоп-бит.
В устройствах, из которых получаете данные - настройки по умолчанию какие? Для проверки - можно поменять количество стоп-бит для всего порта, кроме пиборов ведь туда ничего не подключено?