Заняться обновлением mosquitto мы планируем скоро. Там есть некоторая беда в том, что в свежих версиях поломана совместимость по конфигами и, что ещё веселее, по ABI библиотеки libmosquittopp1.
Можно пока просто отключить persistence (сохранение retained-сообщений между перезапусками):
В /etc/mosquitto/mosquitto.conf поменять persistence true на persistence false. После этого перезапустить весь контроллер (а не только mosquitto), чтобы все остальные демоны тоже перезапустились.
Т.к. это может привести к неожиданным последствия, то лучше сначала проверить это не на продакшне.