Не делается. Верно - выполнить halt на контроллере и через секунд 20 выключить.
Если просто сделать shutdown или halt - то контроллер перезапустится по watchdog.
Разве что подключить бестабильное реле, которое контроллер сможет отключить.
А вообще - зачем его отключать? Что за задача?