Как описал в Отказ WBIO-DI-DR16 на WB7 - #9 от пользователя BrainRoot - дело в том что потерян тактовый импульс. При перезапуске wb-mqtt-gpio в шину не отправляется ничего, с ней работает ядро непосредственно.
Задача описана, отдана разработчикам. Ждем патча.