Чтоб работал hwconf нужен dtc со специальным патчем (поддержка опции -@), а у вас видимо прилетела более новая версия из стандартных дебиановских репозиториев (без патча). Попробуйте руками откатиться:
$ apt-cache madison device-tree-compiler
### выбрать самую новую версию с суффиксом +wb<дата>
$ apt install device-tree-compiler=1.4.1+wb20180808183130
Можно еще захолдить чтоб не обновлялся автоматически:
$ apt-mark hold device-tree-compiler