Как можно оптимизировать wb-mqtt-db?

Да, автоматически не удаляется. Предполагалось что удалится “по устареванию”. Насчет скрипта - да, подумаю, сделать можно, вычитать из MQTT список существующих и создать запрос, который удалит не входящих в него.

Тут немного неверный подход, использовать контроллер для вращения большой базы - чересчур оптимистично. Как по мне более правильный - вынос данных наружу, в другую базу. Например

Но можно и zabbix использовать.
Кстати, займусь пожалуй написанием статьи по установке Grafana +influx

Тут надо самому проверить и в исходники глянуть - как будут обрабатываться топики, которые попадают одновременно в две группы.