Как получить доступ к spi на портах расширения mod1/mod2?

Правильно ли я понимаю, что для получения доступа к SPI2/SPI3 через spidev нужно пересобирать device tree?

Да. Причём они у нас сходу не заработали, пока делали через spi-gpio.
Как это делать можно посмотреть в куске для rfm69.
Своих модулей расширения с SPI у нас пока нет, поэтому приоритет низкий.