Да, понимаете правильно. Драйвер читает из устройства всегда один регистр (16 бит), а затем сам уже вычисляет нужный бит. Чтение одного бита из регистра holding или input не предусмотрено протоколом Modbus.
Если битов нужно считывать много и часто, то, наверное, будет оптимальным читать 16-разрядный регистр один раз как обычно, а биты выделять уже в правилах:
bit0 = dev["my_device_47/Uptime"] & 1; // бит 0
bit1 = (dev["my_device_47/Uptime"] & 2) >> 1; // бит 1
bit01 = dev["my_device_47/Uptime"] & 3; // биты 1 и 0