Попробовал сделать factory reset, с флешки, свежим образом - файл штатно заменился. Пока считаем случайной флуктуацией.
Не исключаю, что это мог сделать я сам в гневе и разочаровании 
А то, что удалось обновить только при запитывании через Debug Console — ничего странного?
От чего питать контроллер - вообще непринципиально, собственно. Можно от БП, от USB - так и так работает.
Эта тема была автоматически закрыта через 7 дней после последнего ответа. В ней больше нельзя отвечать.