Тут Экземпляры мигалок на Timer - #16 от пользователя Flagman выяснили, что зависает и без таймеров и cron, даже при использовании простых setTimeout/setInterval (а без них не обходится практически ни один реальный скрипт).
Там же есть конкретные примеры правил, с которыми проблема воспроизводится.