Попробуйте задать Guard interval (us) в 5000 для всех портов, даже где нет адаптера.
Еще попробуйте выставить принудительно для всех портов Response timeout (ms) в 1000.
А какая скорость работы шины RS-485 после MGE?
Для диагностики проблемы пришлите, пожалуйста, архив с диагностической информацией контроллера. Создание архива описано в инструкции.