Возможно, имеет смысл для каждого случая заранее заготовить несколько файлов конфигураций и копировать их в /mnt/data/etc, переименовывая в wb-mqtt-serial.conf, при настройке контроллера. После этого нужно перезапустить сервис wb-mqtt-serial. Можно это сделать bash-скриптом или из правил.