Добрый день.
Как настроен приоритет опроса счетчиков?
Выдерживается ли он? Сколько всего регистров на шине, если ли ошибки обмена на ней?
Ну и пришлите, пожалуйста, архив с диагностической информацией контроллера. Создание архива описано в документации.