Добрый день! И внешняя флешка, и microSD-карточка, скорее всего умрут раньше встроенного накопителя.
Вот здесь недавно подробно отвечал на похожий вопрос: И еще раз про вытирание флешки и как его замедлить
Теоретически mysql работать должен, но практически им редко пользуются в эмбеддеде, и последние версии почти никто не использует с 512МБ оперативки. Это чревато какими-нибудь багами, которые придётся решать без stackoverflow. Я бы рекомендовал sqlite (мы в контроллере используем её) или вообще какой-нибудь berkley db, если не нужен SQL.