Пробежался еще раз по темам - проблема старая (пара программ - и рутовый раздел забит под завязку), например, еще тут жаловались. С развитием продукта проблема очевидным образом усугубляется - все меньше места будет оставаться из коробки и после первого апдейта (дебиан не очень усыхает от версии к версии). Не все покупатели - линуксоиды, и если после установки пары пакетов по инструкции система дохнет при следующем апгрейде - это не лучшее поведение для консьюмерского продукта.
Нужен либо изкоробочный костыль с дефолтным переносом некритичных файлов на второй раздел, либо всё-таки надо решиться и увеличить рутовый раздел. Собственно, это просто предложение разработчикам - если у них есть планы развивать продукт дальше.