Добрый день.
Антенна в комплекте контроллера - для Wi-Fi. Как обычно, разъем W-FI стандартный, RP SMA.
Да, антенный разъем модуля GPS имеет тип SMA, как указано в его документации.
Пока не совсем понятна описываемая проблема. Какую GPS антенну используете? На какое она напряжение питания?