Добрый день.
Предполагаю что остались куски “старой” системы, предлагаю почистить флешку контроллера в процессе прошивки. То есть после того как контроллер определился как USB накопитель - затереть его нулями. Это можно сделать и через Debug (USB) подключение и с компьютера.
Сейчас, приведу пример.