Процесс прошивки работает так:
Заливается на флешку контроллера образ, попадающий в первый корневой раздел, который при запуске формирует остальные.
поэтому, после выполнения
./Mxsldr.bin wb5_usbfw.sb
Советую выполнить на контроллере через Debug
dd if=/dev/zero of=/dev/mmcblk0 bs=1M
а потом уж заливать прошивку.