Да, на EMMC. Ну это из вывода понятно.
Нет. Для начала - нужно понять чем оно занято, соответствует ли занимаемое место тому объему который планировался при проектировании. Если нет - разобраться почему, в причине.
Скорее всего Расхождение версий node.js zigbee2mqtt - #4 от пользователя RgOmm поможет.
Но, судя по вопросам - опыта работы с компьютерами мало, я б (обязательно!) сделал резервную копию перед значимыми изменениями. Оптимально - привлечь к обновлению специалиста который настраивал систему.