Борюсь с аналогичной проблемой:
- скопировал fit-файл в каталог /mnt/data/.wb-update
- запустил команду wb-run-update /mnt/data/.wb-update/ИМЯФАЙЛА.fit
- размер корневого раздела остался без изменений, каталог /mnt/data/.wb-update очистился
Борюсь с аналогичной проблемой: