Получилось.
Последовательность должна быть такой:
- запустить команду echo -e ‘–force-repartition /n’ > /mnt/data/.wb-update/install_update.web.flags
- скопировать fit-файл в каталог /mnt/data/.wb-update
- запустить команду wb-run-update /mnt/data/.wb-update/ИМЯФАЙЛА.fit