** wb6_update_FACTORYRESET.fit shorter than offset + len **

Тут не вижу чтобы был вывод про обнаруженную флешку. Она вставлена? На ней (сейчас) есть файл с именем “wb6_update_FACTORYRESET.fit”?
Я вижу что контроллер запускается с внктреннего накопителя и загрузчик не определяет флешку, совсем.
Рекомендую параметры загрузчика установить после обновления, так: Проблема со сбросом Wirenboard на заводские настройки - #14 от пользователя BrainRoot