Настройка шлюза Modbus RTU/TCP slave

Зачем, собственно?
Ну так сделайте один адрес на котором 48 регистров. Ну или 96 регистров, если еще входы реле будете использовать.
По 6, соответственно, регистров на реле.
Каждое устройство может иметь 2^16 регистров каждого типа.

Да, так и делают обычно. То есть или один SlaveId на модуль реле или вообще один на целую группу.
Ну и регистры указывают одинаковые.
То есть регистр, например 100 на ID 2 на каждом из контроллеров - это канал 3 реле 4.