Есть робкая надежда, что помогло. Внес фикс, попробовал на самом “длинном” скрипте, в котором уже полгода точно не было никаких шансов сохранить его без перезагрузки контроллера - изменения сохранились. Попробовал еще раз - снова сохранились.
В отладочном окне видно, как после сохранения изменений правила объявляются поочередно и в моем “длинном” скрипте этот процесс растягивается 4 секунды.