Пропала связь по RS485 после обновления

Программное обеспечение
49

Можно.

Перепрошивать - в общем бесполезно, это не повлияет на железо никак.
Если контроллер не нужен во время отпуска - да, имеет смысл отключить. Но с выгруженным модулем (должен) работать стабильно.