Добрый день!
В прошивке 3.х изменилась частота ШИМ по умолчанию: теперь она равна 3 кГц для совместимости с усилителями WB-APMLED. На прошивке 1.х частота по умолчанию была равна 24 кГц.
Для начала, попробуйте установить частоту 24 кГц, какой она была ранее (установите параметр PWM frequency divider (F = 24 kHz / divider) равным 1).
Это, конечно, не решит корень проблемы, но проверить стоит. Также есть похожая тема.