А после загрузки контроллер флешку видит?
Посмотрите вывод команды:
fdisk -l
А также попробуйте смонтировать содержимое флешки в какую-нибудь директорию и проверить, читается ли она.
Также попробуйте при запуске контроллера остановить начала загрузки, нажав кнопку на клавиатуре и выполнить команду
usb start
Покажите вывод. Вот похожая тема, попробуйте сделать аналогично: Обновление прошивки по USB - #3 от пользователя rediskus