Не буду утверждать на счёт гостов и пуэ, но лично я бы никогда низковольтные цепи не заземлял, сохранив гальваническую изоляцию.
Что касается разницы потенциалов, то контроллер тут ни при чем. У вас есть блок питания, где входные и выходные цепи отвязаны друг от друга. Поскольку измерение вы проводите между разными цепями, не соединёнными с собой, то и результат будет относительный. Т.е. это могут быть и наводка на провода, это может быть потенциал тока высокой частоты, который просачивается через помехоподавляющие конденсаторы блока питания. В общем, причин может быть много, вплоть до утечек. Но всё же это скорее наводки двух подвешенных источников питания без прямой связи между ними.