Объединять НУЖНО минусовые (общие) проводники (клеммы) обычным проводом как и для подводки питания 0.5-0.75 мм.кв. для выравнивания потенциалов. Ничего криминального не произойдет. Диоды не нужны.
Один блок питания (24В) на V+ контроллера, второй (12В) на А1 (или А2-А4) через делитель напряжения для контроля работоспособности.