Могло. Эти микросхемы довольно капризные, сгорали от ESD, от превышения тока.
В более свежих ревизиях их поменяли на диоды Шоттки.
Достаточно безопасно. Я бы конечно рекомандовал останки сгоревшего U16 аккуратно убрать паяльником, кусачками или чем-то похожим.
Компонент участвует только в питании контроллера от USB-C порта.
Боюсь, что это выйдет дороже, чем заменить контроллер: работа и доставка дорогая.
Если вам не нужно питание от USB-C порта, то проще всего ничего не делать. Если нужно, то питать от соседнего или напаять вместо U16 какой-нибудь доступный диод.