Добрый день.
Вот тут хочется подробностей.
Что такое “через гуй”?
Если имеется в виду загрузка fit файла (с полной заменой содержимого корня) - то покажите пожалуйста список того что (было) настроено. Вот тут есть пример: Некорректное обновление на testing - #30 от пользователя BrainRoot
Ну и такого типа обновление, с полной заменой файловой системы - требует составленного плана, учитывающего версии пакетов. Я бы не рискнул, проще штатным apt - там можно в процессе обновления принимать решения по каждому пакету.
А как часто возникают на шине, на которой установлен обновляемый датчик ошибки?