подключить отладочную консоль, в приглашении u-boot написать ums mmc 0, подключить контроллер кабелем папа-папа к компьютеру с линуксом по USB. Возможно понадобится отключить аппаратный вотчдог.
Так только сливать оттуда файлы, записывать ничего не надо - сломается. Дальше просто восстановить систему с флешки.