Добрый день!
Я бы обратил внимание на то как выполнена молниезащита территории. Возможно найдутся способы её модернизировать.
Всевозможные ОПН по высокой и УЗИП и стабилизаторы по стороне 0,4 никогда не будут лишними.
По этому вопросу лучше обратиться к профессионалам.
По низкой стороне я бы поискал блоки питания с более надежной защитой и обязательной гальванической развязкой, а так же дополнительные специализированные УЗИП для длинных линий, которые обсуждали в прошлой теме для RS-485.
Сложно точно ответить, что произошло с контроллером в этот момент и почему он выключился. Вероятно сгенерировался большой импульс.